Quần đảo San Juan là một quần đảo nằm về phía tây bắc Hoa Kỳ, thuộc tiểu bang Washington. Xét về địa giới, quần đảo bị kẹp giữa Hoa Kỳ về phía đông và đảo Vancouver (tỉnh bang British Columbia, Canada) về phía tây, mặt Bắc và mặt Nam là hai eo biển Georgia và eo biển Juan de Fuca. Quần đảo bị ngăn cách khỏi lục địa Hoa Kỳ bởi eo biển Rosario, ngăn cách khỏi đảo Vancouver bởi eo biển Haro và eo biển Boundary.